Según el historiador D. Isidro García Cigüenza, el origen del apellido de Omar era Hafs y a éste se le añadió el término de "un" que entre los árabes era distintivo de nobleza, quedando el apellido configurado en Hafsún.
El origen de cómo Omar se convirtió en un rebelde, según recoge el escritor Jorge Alonso García, está en un incidente que le ocurrió cuando descubrió que un pastor bereber le estaba robando el ganado a su abuelo, Ya`far ibn Salim. Omar se enfrentó a él, matándolo. Tras este asesinato, Omar hubo de esconderse en la sierra del Alto Guadalhorce, (Desfiladero de los Gaitanes), refugiándose en las ruinas de un viejo castillo que será el inexpugnable Bobastro, dado que él sabía que sería perseguido por los justicieros bereberes. Con otros fugitivos como él, empezó a robar por la cora de Rayya y de Takoronna hasta que fue capturado por el valí de Málaga, que, desconociendo el asesinato cometido, sólo lo azotó. Entonces decidió escapar al norte de Africa, instalándose en Tahart como aprendiz de sastre hasta que, animado por otro muladí, decidió volver en el año 880 aprovechando el creciente caos interno de Al-Ándalus. Con el apoyo de su tío Muhadir consiguió reunir una partida de mozárabes, muladíes e incluso beréberes descontentos con la aristocracia de origen árabe dominante, y dando muestras de lo que después fuera probado en multitud de contiendas, es decir sus grandes dotes de estratega militar, Omar, como primera medida reforzó y mejoró las defensas del castillo de Bobastro, en el norte de la provincia de Málaga, haciéndolo prácticamente inexpugnable, como se demostraría a lo largo de los más de cuarenta años que resistió los envites de los Omeyas.Sus huestes se hicieron muy poderosas y numerosas y luchaban con gran valentía en clara rebeldía contra el poder de los emires de Córdoba. Su soldadesca le llamaba cariñosamente "El capitán de la gran nariz". Allá por donde pasaban, las gentes vitoreaban a Omar y a sus hombres, por lo que el emir de Córdoba, Muhammad I, le perdonó y lo tomó como guardia personal a su servicio y junto al general Hashim ibn Abd al-Aziz participó en duras batallas, como la de Pancorbo, donde demostró su bravura ante el enemigo.
Pero lejos de obtener un reconocimiento a su valía y a la de sus hombres, Omar era menospreciado e insultado por los altos mandatarios del emirato, llegando incluso a faltarles la comida o, en su defecto, cuando se la hacían llegar, ésta no reunía las mínimas condiciones. Rebelándose contra el emir, conquistó un gran territorio.
El emir Al-Mundir, hijo de Muhammad, mandó su ejército, pero sólo recuperaron Iznájar, en 888, por lo que el emir en persona decide partir al frente de sus tropas y asedia Archidona donde los muladíes se rinden siendo ejecutados los defensores mozárabes. Lo mismo ocurre en Priego que también es recuperada por los omeyas.Tras estas victorias el emir puso cerco a Bobastro, provocando que Ibn Hafsún firmase un pacto con el rey: su rendición a cambio de la amnistía, pero rompió la tregua cuando el emir ya se retiraba, por lo que Al-Mundir volvió al asedio, enfermando y muriendo, sucediéndole su hermano Abdallah.
Durante el emirato de Abdallah las rebeliones internas en Al-Andalus se sucedieron, Omar ben Hafsún aprovechó para firmar alianzas con otros rebeldes y tomar Estepa, Osuna y Ecija en el año 889, conquistando Baena masacrando a sus defensores por lo que Priego y el resto de la Subbética se rinden sin luchar y sus tropas hacen incursiones cerca de la capital, Córdoba. Era un amplio estado, desde Elvira y Jaén por el oeste y por el este hasta la región de Sevilla, y llegando incluso hasta Córdoba.
En el cenit de su poder, Omar Ben Hafsún dominaba las provincias de Málaga y Granada (donde el Emirato tuvo que reconocerle oficialmente como gobernador) y tenía intensas relaciones con los rebeldes de Jaén. En su lucha contra los Omeyas le apoyaron sobre todo los bereberes y los mozárabes.
También estableció contactos con Ifriquiya (Túnez, Libia), primero con los aglabíes y luego con sus vencedores, los fatimíes que eran shiíes pese a que la población seguía la doctrina sunní, así como con Badajoz y Zaragoza. Al mismo tiempo instala un obispo cristiano en Bobastro y construye allí una iglesia convirtiéndose al cristianismo en el año 899 adoptando el nombre de Samuel, e intentando también el reconocimiento de su estado por el rey asturiano Alfonso III.El Emirato consiguió aislarle en gran parte formando una coalición con los Banu Qasi, una importante familia muladí en la Marca Superior. Abdallah le derrotó el 16 de mayo del año 891 en Poley (el nombre árabe de Aguilar de la Frontera, situado en el sur de la provincia de Córdoba) y allí comenzó su declive. Su bautizo le restó partidarios, pero continuó la lucha desde su fortaleza de Bobastro, hasta su muerte en el año 917. Su hijo Suleyman pudo sostener Bobastro contra Abderramán III hasta 928. La rebelión fue reprimida y el clan de los Hafsún tuvo que irse al exilio. A su hija, Santa Argentea, se la recuerda en la Iglesia Católica como virgen y mártir.
